Auswahl einiger Verbundprojekte - Kernbereiche A und B

Wie eben ausgeführt, bringt die Proteomplattform ihre Expertise in eine Vielzahl nationaler und internationaler Projekte ein, von denen neben der bereits erwähnten Pathogenomik/Infektionsbiologie wenige weitere ausgewählt wurden.

  • Funktionelle Genomics von Bacillus licheniformis, einer der wichtigsten Produzenten der weißen Biotechnologie in Zusammenarbeit mit der AG Maurer, Henkel KGaA und AG Gottschalk, Genomlabor Göttingen. Neben der Suche nach prozesskritischen Markergenen und der Optimierung der Proteinsekretion steht auch die Suche nach neuen Produktionsstämmen im Vordergrund, wobei ein reverser Ansatz von dem Muster sekretierter Proteine als Entscheidungshilfe für Genomsequenzierungen in Göttingen gewählt wird („reverse genomics“ in GenoMik-PLUS)
  • Funktionelle Genomics verschiedener Bakterien, die aus mikrobiologischer, biotechnologischer oder infektionsbiologischer Sicht von zentraler Bedeutung sind. Beispielsweise wurde ein Proteomabbild der „zwei Gesichter von Ralstonia eutropha“ (lithoautotroph, organoheterotroph) erstellt (AG Friedrich, GenoMik-PLUS).
  • Mit Hilfe der Funktionellen Genomanalyse soll die Physiologie und Pathophysiologie von Staphylococcus aureus in einer neuen Dimension untersucht werden, um das Verhalten des Erregers im Wirt besser verstehen zu können (enge Zusammenarbeit mit den AG Hacker und Götz, Würzburg-Berlin und Tübingen.
  • Die Physiologie der Stress- und Hungerantwort von Bacillus subtilis ist mit Hilfe der Proteomanalyse in einer neuen, umfassenden Sicht studiert und verstanden worden (Abb. 19). Nahezu alle Proteine, die in B. subtilis, dem Modellorganismus Gram-positiver Bakterien, exprimiert werden, lassen sich proteomweit abbilden (verschiedene DFG-, EU- oder BMBF-Projekte). Diese Arbeiten wurden u. a. auf die Regulation der Clp- Proteine, der Proteinphosphorylierung, der Proteinschädigung und Proteinreparatur bis zur gezielten Proteolyse ausgedehnt. Daneben werden auch Proteinaggregate, etwa zur Funktionsanalyse unbekannter Proteine, studiert (Interactomics). Im EU-Projekt Bacell Health wurde die Greifswalder Arbeitsgruppe im Frühjahr 2008 für ihre Arbeiten zur Stressphysiologie von B. subtilis als „leading scientific group“ im EU-Konsortium wegen ihrer Publikationsleistung ausgewählt.
  • Durch eine langjährige Kooperation mit der AG Jan Maarten van Dijl/Sierd Bron in Groningen konnten zahlreiche neue Mechanismen zur Proteinsekretion in B. subtilis und Staphylococcus aureus aufgeklärt werden (vier EU-Projekte im 5. und 6. Rahmenprogramm).
  • Eine langjährige Kooperation gibt es mit zahlreichen internationalen Partnern, in der die Greifswalder Proteomexpertise gezielt zur Lösung ganz unterschiedlicher physiologischer Fragestellungen eingesetzt wurde. Mehr als die Hälfte der 200 Publikationen der vergangenen zehn Jahre sind mit Partnern verfasst worden.
  • Ein weiterer Schwerpunkt besteht in der Proteomics mariner Bakterien (AG Schweder), der gemeinsam mit Arbeitsgruppen am MPI in Bremen (Rudolf Amann) oder Horst Felbeck (Scripps Institution of Oceanography, La Jolla, CA, USA) nicht nur die physiologische Proteomanalyse ausgewählter mariner Bakterien verfolgt (z. B. Rhodopirellula baltica), sondern auch endosymbiontische Verbünde mit Mikroorganismen in eukaryotischen Wirten (von bakteriellen symbiotischen Gemeinschaften in Würmern bis zu Metaproteomansätzen in größeren Konsortien) im Fokus hat (DFG und BMBF-gefördert).
  • Weiterhin bilden seit Jahren gemeinsame Projekte mit Industrieunternehmen einen wesentlichen Bestandteil der Forschungsarbeiten. Neben den bereits erwähnten Arbeiten mit der Henkel KGaA, die zur Verleihung des „Research/Technology Invention Award 2006“ im Jahre 2007 geführt haben, standen hier gemeinsame Projekte mit Genencor, Bayer, BASF, Roche, Combinature, Decodon u. a. im Fokus (u. a. Aufklärung molekularer Wirkmechanismen von Antibiotika durch Proteomsignaturen).
  • Schließlich soll noch erwähnt werden, dass sich auch in Greifswald Forschungsverbünde zur PathogenoMik etabliert haben, die deutlich über die Grenzen des Instituts für Mikrobiologie hinausgehen, beispielsweise mit der AG Uwe Völker (Med. Fakultät, Abt. Funktionelle Genomforschung) über eine Vielzahl mikrobiologischer und infektionsbiologischer Fragen, mit der AG Barbara Bröker (Med. Fakultät, Immunologie) zum Immunoproteom von Staphylococcus aureus oder mit der AG Steinmetz über die physiologische Proteomanalyse verschiedener Erreger.
  • Besondere Erwähnung verdient die enge Kooperation mit der AG Jürgen Wehland (HZI Braunschweig) zur Pathogenomics und zur Massenspektrometrie und der AG Jörg Hacker (RKI Berlin) zu infektionsbiologischen Fragen. Mit beiden Einrichtungen wurde ein Kooperationsvertrag abgeschlossen.

 

 

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