Nachdem 1879 an der Universität Greifswald Lehrveranstaltungen zu Nahrungs- und Genussmitteln, Gesundheitspflege, Untersuchung von Boden, Wasser und Luft, Antiseptik, Infektionskrankheiten, Entzündungslehre, Schutzimpfungen und Krankenhaushygiene etabliert worden waren, wurde 1883 der Lehrstuhl für Hygiene mit der Bereitstellung von zwei Räumen in der Nicolaistraße 2 (heute Caspar-David-Friedrich-Str.) gegründet und mit Privatdozent Beumer besetzt.
1888 wurden diese Räume von Friedrich Loeffler mit seiner Berufung zum ordentlichen Professor bezogen, der die Hygiene noch in ihrer universellen Einheit von Mikrobiologie, Virologie und medizinischer Umwelthygiene vertreten hat. 1893 konnte Loeffler nach dem Umzug in ein Wohnhaus in der Martin-Luther-Str. 6 dieses zum heutigen Friedrich Loeffler Institut für Medizinische Mikrobiologie ausbauen.
In der Nachfolge von Loeffler waren am Hygiene-Institut so bedeutende Fachvertreter wie Römer (1913-1916), Friedberger (1916-1923), Prausnitz (1923-1926), Dresel (1926-1934), Stickl (1934-1936) und Herzberg (1937-1951) tätig.
1959 wurde parallel zur Gründung des Instituts für Medizinische Mikrobiologie der Lehrstuhl für Allgemeine und Kommunale Hygiene unter Leitung von Wolfgang Weuffen in Greifswald-Eldena, Hainstraße 26, aufgebaut und 1985 in ein selbständiges Institut umgewandelt.
Um dem Aufgabenbereich besser gerecht zu werden, erfolgte nach der Wiedervereinigung die Umbenennung zum heutigen Institut für Hygiene und Umweltmedizin, das bis 2018 im Biotechnikum Greifswald untergebracht war.
Im März 2018 ist das Institut in den Campus der Universitätsmedizin Greifswald in die Ferdinand-Sauerbruch-Straße umgezogen. Damit wird eine qualitätsverbessernde inhaltliche und organisatorische Vernetzung der krankenhaushygienischen Beratung und Überwachung erreicht.
