Die Alma Mater Gryphiswaldensis, im Jahr 1456 mit den vier klassischen Fakultäten (Theologische, Juristische, Medizinische, Philosophische) als Pommersche Landesuniversität gegründet, ist die zweitälteste Hohe Schule im Ostseeraum. In Deutschland sind nur sechs Universitäten älter: Heidelberg (1386), Köln (1388), Erfurt (1392/1994), Würzburg (1402/1582), Leipzig (1409) und Rostock (1419).
1634 vermachte Herzog Bogislaw XIV. von Pommern der Universität das Amt Eldena mit 14000 ha, wodurch sie zur größten Grundbesitzerin unter allen deutschen Universitäten wurde, was sie bis 1945 auch blieb. Im Westfälischen Frieden 1648 fiel Vorpommern mit der Universität Greifswald an Schweden, dessen Wissenschaftspolitik sie bis 1815 prägte. Besonders im ausklingenden 18. Jahrhundert erlangte sie als Kulturbrücke zwischen Schweden und Deutschland neue Bedeutung: Mehr als 1500 Schweden studierten oder wirkten hier als Wissenschaftler, so auch der Philosoph Thomas Thorild (17951808).
1815 ging Schwedisch-Pommern mit der Universität Greifswald in preußischen Besitz über; die Universität wurde so die älteste Hohe Schule Preußens. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts entwickelte sie sich zu einer modernen universitas litterarum. Die Medizin erhielt ein eigenes Klinikviertel.
Zum Lehrkörper der Universität gehörten berühmte Wissenschaftler wie die Hygieniker und Virologen Friedrich Loeffler (18881913) und Paul Uhlenhuth (18991906), die Mediziner Heinrich Helfferich (18851895), August Bier (18991903), Ferdinand Sauerbruch (19051907), Gerhard Domagk (19231925, Medizinnobelpreis 1939/1947) und Gerhardt Katsch (19281957). In Greifswald studierten die Chirurgen Theodor Billroth (1848/49) und Carl Ludwig Schleich (1882 und 1887).
Die Universität begann am 15. Februar 1946 ihren Betrieb neu aufzunehmen ohne die Rechts- und Staatswissenschaftliche Fakultät; nachdem Ende des Zweiten Weltkrieges die Universität von der sowjetischen Besatzungsmacht geschlossen worden war.
1955 kam es zu einem Streik von Medizinstudenten, was für die Beteiligten langjährige Haftstrafen nach sich zog, gegen die Umwandlung der Human- in eine Militärmedizinische Fakultät. Letztendlich geschah dieses nicht. Es wurde lediglich zur Ausbildung der Militärmediziner der DDR eine administrativ eigenständige Militärmedizinische Sektion (MMS) gegründet, wobei die medizinische Fachausbildung an der Medizinischen Fakultät gemeinsam mit den zivilen Studenten erfolgte. Die MMS wurde 1989 im Zuge der Wiedervereinigung aufgelöst.
Im Zuge der sogenannten »3. Hochschulreform« in der DDR wurden 1968/69 die Fakultäten in ihrer klassischen Form und ihre nachgeordneten Institute aufgelöst und 16 »Sektionen« sowie der Bereich Medizin gebildet. Die Fakultäten existierten nur als Teilgremien und Abteilungen eines »Wissenschaftlichen Rates« weiter. In dieser Form überdauerten wenigstens nur mit geringfügiger Namensänderung die Medizinische Fakultät und die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät.
Die Vereinigung Deutschlands erlaubte die Beseitigung der universitären Umformungen und Strukturänderungen der vergangenen 45 Jahre bis Ende 1989. Die Autonomie der Universität, deren akademische Selbstverwaltung und die Freiheit von Wissenschaft und Kunst, von Lehre und Studium wurden in der neuen Staatsform wiederhergestellt.
In der Hansestadt Greifswald leben knapp 55000 Einwohner mit Hauptwohnsitz. Der direkte Einzugsbereich der Medizinischen Fakultät umfasst ca. 300.000 Einwohner Vorpommerns und Mecklenburgs. An der Universität studieren mehr als 6700 Studierende bei zur Zeit etwa 210 Professoren und Professorinnen.
