Zu den vielfältigen, zur Verfügung stehenden Methoden der Proteinanalytik zählen sowohl die klassischen biochemischen Verfahren der Gelelektrophorese als auch unterschiedliche moderne Analysemethoden. Ein hochsensitives System zur Gel-Dokumentation dient zur Detektion markierter Proteine. Weitere moderne Fluoreszenz- und Infrarot-basierte Techniken der Proteinanalyse kommen zur Anwendung. Es stehen ein Mikrotiterplatten-Scanner für Fluoreszenz-Applikationen und ein Infrarot-Scanner zur Verfügung. Mittels Infrarot-gekoppelter Antikörper kann die Expression von Proteinen sensitiv untersucht werden. Der Vorteil gegenüber der klassischen Chemilumineszenz liegt in der zuverlässigeren Quantifizierung und einfachen Handhabung dieser Methodik. Die Nutzung mehrerer Detektionskanäle ermöglicht ein weites Anwendungsspektrum. So können beispielsweise neben Protein-Filtern auch Coomassie-gefärbte und Agarose-Gele sowie Macroarrays und selbst die Proteinexpression innerhalb von Geweben ermittelt werden.