Im Dezember 1997 erfolgte die Berufung von Harald J. Freyberger (*1957) (Abb.15) auf die neu ausgeschriebene C4-Professur für Psychiatrie und Psychotherapie. Parallel dazu wurde die Klinik am Standort Greifswald in dem traditionsreichen Gebäude in der Ellernholzstraße Ende 1998 geschlossen und als Bereich für Psychiatrie und Psychotherapie der Universität unter Leitung von Wolfgang Fischer weitergeführt bis nach dessen Ausscheiden im März 2001 die Leitung ebenfalls an Freyberger überging [47]. Praktisch handelte es sich hier um den Rückgriff auf ein Modell, wie es bereits im 19. Jahrhundert bei der Gründung der stationären Psychiatrie in Greifswald bestand, sich längerfristig aber nicht bewährt hatte.
Der Einzug der Universitätspsychiatrie in Stralsund führte zu einem nachhaltigen Aufschwung für die frühere Versorgungsklinik einschließlich einer maßgeblichen Kapazitätserweiterung wie auch der Etablierung von Lehre und Forschung. Der Abschluss des Enthospitalisierungsprozesses im Zuge einer stärkeren Vernetzung mit den sozialpsychiatrischen Leistungsanbietern bis Ende der 1990er Jahre ermöglichte eine qualitative und quantitative Aufwertung der klinischen Versorgungsangebote durch eine Differenzierung über störungsorientierte, tagesklinische und poliklinische Behandlungsansätze einschließlich der Etablierung gemeindenaher Angebote in mehreren Orten der Region und in der Innenstadt Stralsunds [46].
Im Bereich der Lehre wurden neben der weiter in Greifswald stattfindenden Hauptvorlesung klinische Praktika und Seminarangebote in Stralsund realisiert. Die Klinik war zudem an der Gründung von zwei Psychotherapieausbildungsinstituten für die Aus-, Fort- und Weiterbildung beteiligt. Die Forschung richtete sich an den Forschungsschwerpunkten „Community Medicine“ und „Neurowissenschaften“ der Greifswalder Medizinischen Fakultät aus und beinhaltet bis heute vor allem die Bereiche Epidemiologie und Gen-Umwelt-Interaktionen, Trauma- und Gewaltforschung, Suchterkrankungen sowie Sozialpsychiatrie und Versorgungsforschung. Es wurden Kooperationen mit anderen Kliniken und Instituten in Greifswald geschlossen und 2001 in enger Kooperation mit dem Landesverband Sozialpsychiatrie in Rostock das Institut für Sozialpsychiatrie gegründet, das als An-Institut der Universität Greifswald fungiert. Mit der Übertragung des Lehrauftrages für Klinische Psychologie und Psychotherapie in Heidelberg an Sven Barnow (*1964) wurde 2007 in Freybergers Amtszeit ein erster Mitarbeiter der Klinik auf einen auswärtigen Lehrstuhl berufen [47]. Im Jahr 2013 folgte die Berufung von Manuela Dudeck (*1968) als Professorin für Forensische Psychiatrie an die Universität Ulm sowie ihre Ernennung zur ärztlichen Direktorin der Forensischen Klinik in Günzburg.